Vers un dépistage massif de la COVID-19 ? Le test salivaire EasyCOV


Par Fatéma Dodat

Source Image : Pixabay

«Testez, testez, testez» est le leitmotiv de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) depuis le début de la pandémie. Néanmoins, un dépistage massif requiert un test de détection rapide, simple et efficace. Pour y répondre, des chercheurs français ont effectué une véritable course contre la montre en laboratoire afin de produire et commercialiser ce test en un temps records. Celui-ci, appelé EasyCOV, nécessite un échantillon de salive et fournit les résultats en 1h. Retour sur ce test et son mode d’action.


Principe du test EasyCOV


Développé par trois entités du groupe ALCEN (Tame-Care, SkillCell et Alcediag (Sys2Diag / CNRS) à Montpellier (France), ce test repose sur la technologie d’amplification isotherme médiée par boucle de transcription inverse (RT-LAMP). Cette technique, particulièrement efficace pour détecterune large gamme de virus, est utilisée pour amplifier du matériel génétique à partir de quantité infime d’ADN. Dans ce cas-ci, elle permet d’identifier si un individu est positif ou non à la COVID-19 à partir d’un échantillon salivaire.


Pour ce test, l’échantillon de salive est prélevé à l’aide d’une pipette et placé à 65°C pendant 30 min, afin d’inactiver les composants de la salive pouvant nuire à la réaction. Ensuite, l’échantillon est transféré dans un nouveau tube contenant les réactifs chimiques nécessaires à l’amplification. Dans le cas du SARS-CoV-2, il faut au préalable transformer l’ARN du virus en ADN. Cette étape se fait par le biais d’une enzyme appelée transcriptase reverse.

L’ADN est ensuite amplifié en mélangeant :

-quatre amorces, qui sont des copies du gène recherché - dont deux sont des copies des extrémités du gène et les deux autres des parties internes du gène.

-une enzyme appelée ADN polymérase, qui a pour rôle de copier l’ADN en ajoutant des nucléotides (les lettres du code génétique) entre les amorces.

-des nucléotides qui servent de matériel d’ajout.


Le tube est ensuite placé dans un dispositif de chauffage constant à 65°C pendant 30 min. L’amplification du matériel génétique est alors amorcée, avec la formation de structures en boucles, d’où le nom de la technique.

L’ajout d’un colorant intercalant comme le SYBR green permet une détection colorimétrique, qui induit une couleur jaune pour une salive positive au SARS-CoV-2 et une couleur orange si elle est négative. Pour un résultat plus précis, le tube peut être analysé à l’aide d’une application mobile EasyCov Reader développée à cet effet. Développée par la société VOGO, cette application peut donner trois types de résultats : positif, négatif ou ambigu. En plus d’automatiser l’analyse des résultats à travers cette application, VOGO assure également l’hébergement et la gestion sécurisée des données de santé.

Comparaison avec le test classique (RT-qPCR)

Sensibilité :


Ce test a été comparé au test de dépistage classique à l’aide d’un essai clinique réalisé en double aveugle sur 130 patients dans un centre hospitalier de Montpellier – dont 7 ont été exclus en raison d’une quantité insuffisante de matériel salivaire pour la détection. Les auteurs indiquent dans leur étude (non revue par des pairs) que la plupart des échantillons évalués négativement par la technique classique ont donné les mêmes résultats à l’aide de leur test innovant. À l’issue de cette étude, la spécificité* et la sensibilité** du dépistage par EasyCOV ont été évaluées respectivement à 95,7% à 72%.


Certaines études suggèrent que les analyses de salive seraient plus sensibles et reproductibles que les prélèvements nasopharyngés, actuellement utilisés

Simplicité:


Le test classique de détection de la COVID-19 se fait à partir de prélèvements nasopharyngés à l’aide d’un écouvillon. Cette technique, qui est estimée peu douloureuse, est cependant désagréable car l’écouvillon est introduit assez loin dans la cavité nasale. Aussi, il requiert d’être mené par des équipes médicales qualifiées et comportent un risque de contamination du personnel soignant. Grâce au test EasyCOV, la collecte est moins invasive pour le patient qui peut le réaliser lui-même et le risque de contamination est également diminué.


Par ailleurs, contrairement à la technique classique où l’amplification du matériel génétique fonctionne par cycles répétés avec des variations de température nécessitant un thermocycleur, cette technologie ne nécessite qu’un simple dispositif de chauffage.

Rapidité:

En général, les patients attendent un à plusieurs jours pour l’obtention des résultats du dépistage à la COVID-19 car l’analyse est réalisée en laboratoire. Avec EasyCOV, l’étape d’extraction d’ARN est évitée ce qui représente un gain de temps considérable. En tenant compte de toutes les étapes listées précédemment, le test prend environ 1h.


Il peut donc être réalisé à différents endroits qui nécessitent une réponse rapide et ne peuvent inclure les étapes de collecte et transport d’échantillons, ou encore d’analyse au laboratoire et de traitement de données, telles que les aéroports.

* Spécificité : capacité à ne détecter que les malades et avoir le moins de faux positifs

** Sensibilité : capacité à détecter un maximum de malades et avoir le moins de faux négatifs

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